Fonte principale sulla vita e la figura del Battista sono i Vangeli. Essi affermano che era figlio di Zaccaria e di Elisabetta e fu generato quando i genitori erano in tarda età. La notizia, di per sé non inverosimile, è interpretabile come a sottolineare l'eccezionalità del personaggio (figli di genitori anziani furono anche Isacco, figlio di Abramo, e, secondo tradizioni tarde, la Vergine Maria). La sua nascita fu annunciata dallo stesso arcangelo Gabriele che diede l'annuncio a Maria; quando questa andò a visitare Elisabetta, il nascituro balzò di gioia nel ventre materno. Per aver conosciuto direttamente Gesù, e per averne annunciato l'arrivo ancor prima di nascere, Giovanni è ricordato come "il più grande dei profeti". Luca lo colloca in un quadro storico ben preciso, donandoci nomi e cognomi dei protagonisti politici di quel tempo (Luca 3,1-2), riconducibile al periodo corrispondente agli anni 27 e 28 dell'era volgare, anno decimo quinto dell'imperio di Tiberio.
Elisabetta allora era nel sesto mese; questo ha permesso agli agiografi di fissare la nascita di Giovanni tre mesi dopo il concepimento di Gesù, e sei mesi prima della sua nascita; e da Agostino sappiamo che la celebrazione della nascita di Giovanni al 24 giugno era antichissima nella chiesa cattolica africana: unico santo, insieme alla Vergine Maria, di cui si celebra non solo la morte (il dies natalis, cioè la nascita alla vita eterna), ma anche la nascita terrena.
Sentita la chiamata del Signore, Giovanni andò a vivere nel deserto, conducendo vita di penitenza e di preghiera, secondo la tradizione ebraica del voto di nazireato: "Giovanni portava un vestito di peli di cammello e una cintura di pelle attorno ai fianchi; il suo cibo erano locuste e miele selvatico" (Marco 1,6). Si discute tuttora sui possibili rapporti fra il Battista e la comunità giudaica degli Esseni, che vivevano in comunità monastiche nel deserto, aspettavano l'avvento del Messia e praticavano il battesimo come rito di purificazione. La novità del battesimo di Giovanni, rispetto alle abluzioni di tipo rituale che già si conoscevano nella tradizione giudaica, consiste nel preciso impegno di "conversione", da parte di coloro che andavano a farsi battezzare da lui. Secondo alcuni vangeli apocrifi,in seguito alla morte della madre si recò nel deserto dove fu istruito dagli angeli e uomini sapienti per la sua futura missione.
Giovanni Battista annunciò più volte di riconoscere in Gesù il Messia annunciato dai profeti, ma il momento culminante è quello in cui Gesù stesso volle essere battezzato da lui nelle acque del Giordano; in quell'occasione Giovanni additò Gesù ai suoi seguaci come "l'agnello di Dio che toglie i peccati del mondo" (Giovanni 1,29). Tuttavia risulta che molti continuarono a dirsi seguaci del Battista ancora a lungo, e non è certo che tutti abbiano poi aderito alla Chiesa cristiana.
Il Battista morì a causa della sua predicazione. Egli condannò pubblicamente la condotta di Erode Antipa, che conviveva con la cognata Erodiade; il re lo fece prima imprigionare, poi, per compiacere la bella figlia di Erodiade, Salomè, che aveva ballato ad un banchetto, lo fece decapitare.
La celebrazione del martirio di Giovanni Battista o celebrazione di San Giovanni Decollato è fissata al 29 agosto (probabile data del ritrovamento della reliquia della testa del Battista).
La dedicazione della Basilica Cattedrale di Brindisi a questo santo si deve grazie alla diffusione della sua devozione da parte del protovescovo san Leucio.